Lastekirurgia eriala sünniks Eestis võib lugeda 1962. aastat, mil avati lastekirurgia osakonnad Tallinna Vabariiklikus Haiglas (jaanuaris)  ja Tartu Ülikooli Haavakliinikus (oktoobris). 

Eestis töötavaid lastekirurge ühendava erialaseltsi loomise idee pärineb aastatest 1986-1988.

30.novembril 1990 võeti vastu Eesti Lastekirurgide Seltsi esimene põhikiri, mis registreeriti Eesti Vabariigi Tervishoiuministeeriumis 04.01.1991.

Esimeseks Eesti Lastekirurgide Seltsi juhatuse esimeheks valiti dotsent Uudo Reino, kes juhtis seltsi tegevust aastatel 1990 –1996. Aastatel 1996 – 1998 oli juhatuse esimeheks Lauri Einre, 1998 – 2002 Orm Porosaar ja 2002-2007 Karin Varik. 2008 aastast on seltsi juhatuse esimees Matis Märtson.

Eesti Lastekirurgide Selts on Eesti Kirurgide Assotsiatsiooni (EKA, aastast 1992) ja Balti Lastekirurgide Assotsiatsiooni  (BAOPS, aastast 1991) asutajaliige. Ülal olev foto pärineb BAOPS-i asutamiskoosolekult Tartus.

BAOPS-i koosseisus astus Eesti Lastekirurgide Selts Euroopa Lastekirurgide Assotsiatsioonide Liidu (EUPSA) ja Maailma Lastekirurgide Assotsiatsioonide Föderatsiooni (WOFAPS, aastast 1995) liikmeks. 2006 aastal muudeti EUPSA personaalsete liikmetega Euroopa Lastekirurgide Ühenduseks. WOFAPS-is on Eesti Lastekirurgide Selts täna iseseisev liige.

Eesti Lastekirurgide Selts on korraldanud II, V ja VII Balti Lastekirurgide Assotsiatsiooni konverentsi. Kavas on organiseerida Balti Lastekirurgide Assotsiatsiooni XI konverents Tallinnas 2010 aasta mais.